外國企業在中國境內設立兩個或者兩個以上營業機構的,可以由其選定其中的一個營業機構合并申報納稅。但該營業機構應當具備以下條件:對其他各營業機構的經營業務負有監督管理責任;設有完整的賬簿、憑證,能夠正確反映各營業機構的收入、成本、費用和盈虧情況。合并申報繳納所得稅,應當由其選定的營業機構提出申請,經當地稅務機關審核后,依照下列規定報批:合并申報納稅所涉及的營業機構設在同一省、自治區、直轄市的,由省、自治區、直轄市稅務機關批準;合并申報納稅所涉及的各營業機構設在兩個以上省、自治區、直轄市的,由國家稅務總局批準。外國企業經批準合并申報納稅后,遇有營業機構增設、合并、遷移、停業、關閉等情況時,應當在事前由負責合并申報納稅的營業機構向當地稅務機關報告,需要變更合并申報納稅營業機構的,依上述程序報批。
外國企業合并申報納稅,所涉及的營業機構適用不同稅率納稅的,應當合理地分別計算各營業機構的應納稅所得額,按照不同的稅率繳納所得稅。如果各營業機構有盈有虧,盈虧相抵后仍有利潤的,應當按有盈利的營業機構所適用的稅率納稅。發生虧損的營業機構,應當以該營業機構以后年度的盈利彌補虧損,彌補虧損后仍有利潤的,再按該營業機構所適用的稅率納稅,其彌補額應當按為該虧損營業機構抵虧的營業機構所適用的稅率納稅。外商投資企業在中國境內設立分支機構的,在匯總申報繳納所得稅時,也按上述規定辦理。