通過機構的分設，充分利用增值稅優惠的法律規定，也是增值稅納稅籌劃的一個很重要的思路。

　　例1：某鋼鐵生產企業，以鋼材為其主要產品，其生產原料很大一部分為廢舊鋼鐵，而廢舊鋼鐵的主要來源除了外地廢舊物資經營單位外，主要從本地的個體廢品店收購。從外地廢舊物資經營單位購進廢鋼，由于對方可開具增值稅專用發票，因而本企業可抵扣進項稅額。而按現行稅收政策，從個人處收購廢舊物資，除專門的廢舊物資經營單位可按收購額10％計提進項稅額外，工業企業是不能抵扣進項稅額的。因而該鋼鐵企業從個人處收購的廢鋼鐵無法抵扣進項稅額，增值稅的負擔就比較重。

　　該鋼鐵企業決定專門成立一個廢舊物資回收公司，獨立法人，獨立核算，并經工商機關和公安機關批準，執有特種行業（廢舊物資經營）經營許可證，所有該鋼鐵企業從個人處收購的廢舊鋼鐵均通過廢舊物資回收公司，廢舊物資回收公司再按市場價格將收購的廢鋼鐵銷售給鋼鐵企業，并開具增值稅專用發票，稅率17％。通過機構處理，鋼鐵企業購進的所有廢鋼鐵都可以正常的手續足額抵扣進項稅額，從而減輕了鋼鐵企業的稅收負擔，而廢舊物資經營單位雖然名義稅負很高，但依據現行財稅政策，廢舊物資經營行業采取先征收后返還的政策，由財政返還其應納稅額的70％，因而其實際稅負并不高。

　　通過上述例子分析，企業在一定的情況下，分設機構或者設立新的機構，在一定程度上可以節省稅款。但稅款繳納只是企業經營的一個部分。由于分設機構也可能會帶來管理費用的增加，管理路徑的拉長，影響效率，所以是否分設機構要總體考慮，權衡得失，使企業整體效益最高。