中國現行的農業稅制度已實行40多年，期間未做任何根本性變革，已越來越不適應當前中國經濟發展的要求。一是稅收負擔偏重，雖然表面上看絕對數額不高，但對低收入的農民來說，稅收負擔并不算小；二是稅制設置不合理，與其他工商稅種比較，它沒有設定起征點和免征額，沒有任何抵扣項目，致使一些扶貧對象也要負擔農業稅；三是明顯存在稅負不公，無論產量成本多少，都按土地面積定額征收，加重了種糧農民的負擔，影響了種糧農民的積極性；四是在目前的分稅制體制下，一些地方政府為了擴大稅源，隨意擴大稅種征收范圍，提高稅率，或者借征收農業稅“搭車”收費，嚴重侵害了農民利益。
逐步取消農業稅，財政有這樣的承受能力。從全國看，農業稅的稅基總量幾百個億。按此計算，如果全面取消，中央財政再對其轉移支付，這樣一“進”一“出”，財政會有一些支出壓力。但這兩年中國稅收收入增長很快，2003年稅收增加部分就突破3000億元。當然，從今年開始陸續啟動的新一輪稅制改革，會有很多減收的因素。但只要宏觀經濟運行狀況一直向好，一定量的財政增收是可以保證的。在這種背景下，國家有必要調整政策，讓農民休養生息。
逐步取消農業稅有利于農民增收減負。近年來，由于多種原因，農民收入低且增長緩慢。過重的負擔，擠占了農民家庭消費，直接影響了農民的生產和生活。在農業增收難度加大的情況下，減負也是增收，逐步取消農業稅，就是間接地增加農民收入。同時，取消農業稅后，也將拆掉一些地方政府借農業稅“搭車收費”的平臺。
逐步取消農業稅還有利于降低農業成本，提高中國農業的國際競爭力。中國人多地少，農產品生產成本上升的壓力本來就大，農業稅無形中又加大了這種壓力。稅收和各種負擔大幅增加，造成農民種糧利潤微薄甚至虧本，不少農民不愿承包土地，或者雖勉強種地但普遍減少投入，致使農業發展后勁乏力。逐步取消農業稅，有利于幫助農民兄弟降低農業生產成本。這也是國家鼓勵農民種糧的重要信號，對保障國家糧食安全具有戰略意義。
逐步取消農業稅，在給9億農民帶來實惠的同時，也給基層機構改革提出了更加迫切的要求。由于許多欠發達地區縣鄉財政還依賴農業稅，取消農業稅，最大的沖擊將是基層政府，不少地方的財政收入將減少，而機構臃腫等問題將越來越顯得突出。這將迫使鄉鎮機構加快改革，壓縮編制，縮減機構和人員，轉變職能，減少管理環節，節約行政成本。
取消農業稅的政策顯示，新一屆政府對“三農”問題的破解將進入更深的層次和更廣泛的領域。
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