新申報表將原納稅調整表中的職工薪酬等項目單獨出來，并增加了股權激勵、細化了職工教育經費等內容。納稅調整項目是稅務機關進行所得稅后續管理的重點內容，填報內容的調整，無疑增加的企業的涉稅風險。此外，職工薪酬表也與個人所得稅有密切的聯系，填列該表時企業亦須注意和個人所得稅申報表之間的勾稽關系。對于具體項目的具體處理，企業應根據當地規定進行納稅處理和申報。

工資薪金支出

稅法規定，企業發生的合理的工資薪金支出準予稅前扣除。其中的“合理工資薪金”，是指企業按照股東大會、董事會、薪酬委員會或相關管理機構制訂的工資薪金制度規定實際發放給員工的工資薪金。稅務機關在對工資薪金進行合理性確認時，可按以下原則掌握：

（一）企業制訂了較為規范的員工工資薪金制度；

（二）企業所制訂的工資薪金制度符合行業及地區水平；

（三）企業在一定時期所發放的工資薪金是相對固定的，工資薪金的調整是有序進行的；

（四）企業對實際發放的工資薪金，已依法履行了代扣代繳個人所得稅義務；

（五）有關工資薪金的安排，不以減少或逃避稅款為目的。

實務中，部分地區可能針對上述原則制定量化的標準，但這種做法存在爭議。比如貴州國稅曾規定：“企業所制訂的工資薪金制度符合行業及地區水平，根據我省實際情況，企業在確定工資薪金稅前扣除時，應參照企業所在地統計局公開向社會發布的行業平均工資薪金水平，以及按貴州省人力資源和社會保障廳每年發布的《貴州省企業工資指導線》確定企業工資增長幅度。企業年度工資薪金稅前扣除限額＝當地同行業平均工資薪金水平×（1＋工資指導線）×在職平均人數，在限額以內的據實扣除，超過的部分不得在稅前扣除。如果企業所在地統計局沒有公開向社會發布行業及地區工資薪金水平，可參照企業所在地的市（州）統計局公開向社會發布的行業及地區工資薪金水平。”由于該規定易導致稅企爭議和簡政便民措施的進一步深化，貴州國稅廢止了上述量化標準。

除了國有性質的企業，其工資薪金不得超過政府有關部門給予的限定數額外，其他企業發放工資的多少應屬于市場行為，稅法不應過多的干預。但由于缺乏明確的量化標準，使得企業存在避稅的空間。比如，曾經遇到一公司，股東A是位殘疾人且在企業任職。根據企業所得稅法的規定，支付給殘疾人的工資可以加計扣除。于是，該公司支付極高的工資給A.通常個人所得稅和工資的高低正相關，該公司支付給A的工資越高，A應繳納的個人所得稅就越多。但上述情況在涉及個人所得稅優惠時發生改變。根據規定，對殘疾人個人取得的勞動所得，按照省（不含計劃單列市）人民政府規定的減征幅度和期限減征個人所得稅。這里勞動所得包括：工資薪金所得、個體工商戶的生產和經營所得、對企事業單位的承包和承租經營所得、勞務報酬所得、稿酬所得、特許權使用費所得。由于殘疾人的工資薪金所得屬于減免稅項目，所以高工資不一定導致高個人所得稅。于是，企業就可以在企業所得稅和個人所得稅之間做出權衡，通過安排，使個人所得稅和企業所得稅的總和降至最小。這種做法還減少了股息紅利的個人所得稅。根據上面減免稅的規定，股息紅利項目并不屬于勞動所得，應按規定繳納個人所得稅。因為多發工資導致費用增加，進而降低了企業的可供分配利潤，從而減少了股息紅利的應納稅所得額。

由于大部分企業的工資制度都是當月計提下月發放，對于12月份的工資一般在下一年度發放，對于這部分工資是否可以稅前扣除，各地規定不一。大部分地方采取的做法是在當年匯算清繳期內或者下一年1月份發放即可稅前扣除，但也有地方規定，當年不發放的即不得稅前扣除，比如新疆。

部分地區將工資薪金支出稅前扣除和個人所得稅聯系起來，如青島地稅規定，如企業沒有代扣代繳個人所得稅，則相應的工資薪金不得稅前扣除。

還有地區規定，工資薪金的扣除要求用工企業依法與勞動者簽訂《勞動合同》并網上備案。如青島國稅在業務問答中明確，除返聘退休人員、建筑企業雇傭農民工、雇傭勞務派遣人員等7種特殊情形外，用工企業依法與勞動者簽訂《勞動合同》，并通過人力資源社會保障勞動關系網絡系統網上備案，其實際支付的工資薪金方可稅前扣除。

對于大型企業集團內部人員流動產生的工資在哪方扣除問題，各地規定亦有區別。如浙江國稅規定，集團公司派員到下屬企業工作，五險一金在集團公司繳納，職工工資應在集團公司列支，否則應按勞務費處理。而寧波國稅規定，母子公司之間由于工作需要調動導致職工在子公司工作，但工資由母公司發放，職工工資應在實際工作的子公司扣除，母公司不得扣除。如屬勞務派遣，應簽訂勞務合同，憑母公司開具勞務發票在子公司扣除，但職工的社會保險可憑相關印證材料和支付清單在子公司扣除。

此外，企業因雇用季節工、臨時工、實習生、返聘離退休人員以及接受外部勞務派遣用工所實際發生的費用，應區分為工資薪金支出和職工福利費支出，并按《企業所得稅法》規定在企業所得稅前扣除。其中屬于工資薪金支出的，準予計入企業工資薪金總額的基數，作為計算其他各項相關費用扣除的依據。

股權激勵

國家稅務總局公告2012年第18號中規定的股權激勵，是指《上市公司股權激勵管理辦法（試行）》中規定的上市公司以本公司股票為標的，對相關人員進行的長期性激勵。在我國境外上市的居民企業和非上市公司，凡比照《上市公司股權激勵管理辦法（試行）》的規定建立職工股權激勵計劃，且在企業會計處理上，也按我國會計準則的有關規定處理的，其股權激勵計劃有關企業所得稅處理問題，可以按照18號公告執行。企業應關注稅前扣除時點的規定，即實際行權時方可稅前扣除。對于18號公告之外的股權激勵的企業所得稅處理，建議參考相關會計規定。

對于股權激勵的個人所得稅規定，主要涉及授予時、行權時和行權后三個時點，具體處理參見《關于個人股票期權所得征收個人所得稅問題的通知》（財稅〔2005〕35號）、《關于個人股票期權所得繳納個人所得稅有關問題的補充通知》（國稅函〔2006〕902號）、《關于股票增值權所得和限制性股票所得征收個人所得稅有關問題的通知》（財稅〔2009〕5號）和《關于上市公司高管人員股票期權所得繳納個人所得稅有關問題的通知》（財稅〔2009〕40號）。

職工福利費支出

與將工資薪金錯計入福利費相比，稅務機關更關注將福利費錯計入工資薪金的情況。國稅函〔2009〕3號與財企〔2009〕242號對相關項目不同的認定加大了企業的稅務風險。企業應按照國稅函〔2009〕3號的規定進行納稅申報。

對于有些項目除了正確分類外，還涉及能不能稅前扣除的問題，比如職工旅游費，不同地區做出了截然相反的規定。

值得注意的是，職工福利費是企業個人所得稅處理時容易忽視的問題，從職工福利費中支付給單位職工的人人有份的補貼補助應并入納稅人的工資薪金收入計征個人所得稅。

職工教育經費支出

為鼓勵企業創新，針對不同企業的職工教育經費支出，稅法規定了不同的比例。一般企業比例為2.5％，經認定的技術先進型服務企業和中關村、東湖、張江三個國家自主創新示范區、合蕪蚌自主創新綜合試驗區內的高新技術企業比例為8％。

對于集成電路設計企業和符合條件軟件企業，職工教育經費中單獨進行核算職工培訓費用，可按實際發生額在計算應納稅所得額時扣除，其余部分按2.5％的比例處理。

企業應嚴格區分職工教育經費和航空企業飛行員養成費、飛行訓練費、乘務訓練費、空中保衛員訓練費等空勤訓練費用、核電廠操縱員培養費，航空企業和核電企業發生的上述費用可以作為成本在稅前扣除。

對于職工教育經費的管理，應按《關于企業職工教育經費提取與使用管理的意見》（財建〔2006〕317號）的規定處理。

工會經費支出

工會經費的所得稅處理除需符合規定比例外，還需取得財政部統一印制并套印財政部票據監制章的《工會經費收入專用收據》或者代收機關開具的工會經費代收憑據。

工會經費應按照《中華全國總工會關于加強基層工會經費收支管理的通知》（總工辦發〔2014〕23號）等規定進行管理。對于工資總額和福利費受限的企業，可能通過工會經費發放相關補貼補助，對于該部分人人有份的補貼補助需并入納稅人的工資薪金收入計征個人所得稅。

各類基本社會保障性繳款和住房公積金

依照國務院有關主管部門或者省級人民政府規定的范圍和標準繳納的社會保險費和住房公積金可以在企業所得稅前扣除，超過部分不得扣除。涉及的個人所得稅處理按《關于基本養老保險費基本醫療保險費失業保險費住房公積金有關個人所得稅政策的通知》（財稅〔2006〕10號）等規定處理。

補充養老保險和補充醫療保險

根據規定，自2008年1月1日起，企業根據國家有關政策規定，為在本企業任職或者受雇的全體員工支付的補充養老保險費、補充醫療保險費，分別在不超過職工工資總額5％標準內的部分，在計算應納稅所得額時準予扣除；超過的部分，不予扣除。此處應注意參保對象應為全體員工，僅針對部分高管人員的不在此列。

對于補充養老保險的個人所得稅事項按《關于企業年金職業年金個人所得稅有關問題的通知》（財稅〔2013〕103號）和《關于做好企業年金職業年金個人所得稅征收管理工作的通知》（稅總發〔2013〕143號）處理。

對于補充醫療保險，各地社保主管部門管理方式不一，如天津要求凡參加當地基本醫療保險并按時足額繳納基本醫療保險費的企業，都應建立補充醫療保險，而北京要求參加了當地基本醫療保險的企業可以為本單位職工和退休人員建立補充醫療保險。由于不屬于個人所得稅免稅范圍，企業為職工繳付的補充醫療保險應扣繳個人所得稅。