如果建筑公司與甲方在專項條款中只注明了部分材料由甲方提供，但施工合同總金額不包括甲供材料的金額，那么建筑公司不能按照簡易征收的方式開具發票。 簡易征收是指針對特定行業或特定類型的業務，在開具發票時按照一定的稅率和計算方式直接計算稅款的一種征收方式。但是，簡易征收要求業務類型和計稅依據明確、統一，且符合相關稅收法規的規定。 根據您提供的信息，建筑公司的業務涉及到甲方提供的材料，但是施工合同總金額不包括這部分材料費用，因此無法按照簡易征收的方式開具發票。建筑公司需要按照相關稅收法規的規定，結合實際情況計算應繳納的稅款，并按照規定開具發票。