1.使用的主體不同：增值稅專用發票一般只能由增值稅一般納稅人領購使用，小規模納稅人需要使用的，只能經稅務機關批準后由當地的稅務機關代開。普通發票則可以由從事經營活動并辦理了稅務登記的各種納稅人領購使用，未辦理稅務登記的納稅人也可以向稅務機關申請領購使用普通發票。 2.聯次不同：增值稅專用發票有四個聯次和七個聯次兩種。第一聯為存根聯（用于留存備查），第二聯為發票聯（用于購買方記賬），第三聯為抵扣聯（用作購買方扣稅憑證），第四聯為記賬聯（用于銷售方記賬）。普通發票則只有三聯，第一聯為存根聯，第二聯為發票聯，第三聯為記賬聯。 3.作用不同：增值稅專用發票不僅是購銷雙方收付款的憑證，而且可以用作購買方扣除增值稅的憑證。而普通發票除運費、收購農副產品、廢舊物資的按法定稅率作抵扣外，其他的一律不予作抵扣用。