在公司合并抵消表中，母公司與分公司之間的往來賬款需要進行抵消處理。這是因為母公司與分公司是同一個法律實體的一部分，它們的經濟活動應該被匯總在一起，以計算最終的財務結果。 當分公司與另一個公司發生往來賬款時，這筆交易在合并抵消表中也需要進行抵消。這是因為即使這筆交易沒有直接涉及母公司，但分公司的債務或債權與總公司的債務或債權是相對應的。因此，為了準確地反映總公司的財務狀況，需要將分公司的往來賬款與總公司的相應科目進行抵消。 具體來說，如果分公司在與另一個公司的往來賬款中是債務方，那么在合并抵消表中，這筆債務需要與總公司的相應債權進行抵消。反之，如果分公司在往來賬款中是債權方，那么這筆債權需要與總公司的相應債務進行抵消。 總之，在進行公司合并抵消時，需要將所有相關的經濟活動匯總在一起，包括分公司與其他公司的往來賬款。這樣才能準確地反映整個法律實體的財務狀況。