主要區別在于賬面價值與計稅基礎是否存在差異，是否需要確認遞延所得稅。應稅合并和免稅合并是從被合并方是否需要交稅的角度來區分的。應稅合并就是合并過程需要交納所得稅，取得的資產等按公允價值計量；而免稅合并合并過程不需要繳納所得稅，取得的資產按原計稅基礎計量。

(1)應稅合并

　　被合并企業：按照公允價值轉讓和處置資產，并繳納所得稅

　　合并企業：接受被合并企業的資產，計稅基礎為公允價值

　　同一控制會計處理：按賬面價值核算，產生遞延所得稅

　　非同一控制會計處理：按公允價值核算，不產生遞延所得稅

(2)免稅合并

　　合并企業：接受被合并企業的資產，計稅基礎為原賬面價值

　　被合并企業：不繳納所得稅

　　同一控制會計處理：按賬面價值核算，不產生遞延所得稅

　　非同一控制會計處理：按公允價值核算，產生遞延所得稅