親愛的學員，您好！很高興能為您提供幫助，您的問題答復如下：
1.B公司支付給A勞務派遣公司的100萬元中，90萬元是實際支付給員工的工資，這90萬元應計入B公司的工資薪金支出。A公司收取的10萬元手續費是A公司的收入，與B公司的工資薪金支出無關。
2.B公司雖然沒有在會計上做“應付職工薪酬”的會計分錄，但根據稅法規定，B公司需要將實際支付給員工的工資作為工資薪金支出在企業所得稅中申報。
3.B公司在企業所得稅中申報的工資薪金支出是實際支付給員工的工資，這部分工資已經包含在勞務派遣公司的費用中了。因此，不會重復列支，而是將勞務派遣公司的費用中的工資部分和B公司實際支付的工資進行匹配和調整。
祝您學習愉快！