1. **境內(nèi)段發(fā)票** - **9%增值稅專票部分**：如果貨代公司提供的是國內(nèi)運(yùn)輸服務(wù)等符合增值稅應(yīng)稅服務(wù)范圍的業(yè)務(wù)，開具9%的增值稅專用發(fā)票是正確的。例如，從工廠運(yùn)輸貨物到港口等國內(nèi)運(yùn)輸環(huán)節(jié)屬于交通運(yùn)輸服務(wù)應(yīng)稅范疇，適用9%的稅率。 - **免稅的代理港雜費(fèi)部分**：港雜費(fèi)是在港口環(huán)節(jié)發(fā)生的一系列雜費(fèi)，包括裝卸費(fèi)、堆存費(fèi)等。如果貨代公司只是代理這些費(fèi)用，且符合代理服務(wù)免稅的規(guī)定，開具免稅發(fā)票是合理的。代理服務(wù)免稅通常是因?yàn)檫@些費(fèi)用主要是代收代付性質(zhì)，貨代公司沒有對其增值部分進(jìn)行應(yīng)稅銷售行為。 2. **境外段發(fā)票** - 對于境外段免稅的代理海運(yùn)費(fèi)，這也是合理的。因?yàn)閲H運(yùn)輸服務(wù)適用零稅率或者免稅政策。在這種情況下，貨代公司作為代理，提供的是國際海運(yùn)代理服務(wù)，不是實(shí)際承運(yùn)人。根據(jù)相關(guān)稅收政策，國際運(yùn)輸代理服務(wù)可以享受免稅待遇。 - 從稅收政策角度來看，根據(jù)《財(cái)政部 國家稅務(wù)總局關(guān)于全面推開營業(yè)稅改征增值稅試點(diǎn)的通知》（財(cái)稅〔2016〕36號）規(guī)定，中華人民共和國境內(nèi)（以下稱境內(nèi)）的單位和個(gè)人銷售的下列服務(wù)和無形資產(chǎn)，適用增值稅零稅率：（一）國際運(yùn)輸服務(wù)。同時(shí)，試點(diǎn)納稅人提供國際貨物運(yùn)輸代理服務(wù)，向委托方收取的全部國際貨物運(yùn)輸代理服務(wù)收入，以及向國際運(yùn)輸承運(yùn)人支付的國際運(yùn)輸費(fèi)用，必須通過金融機(jī)構(gòu)進(jìn)行結(jié)算。否則不能享受免稅政策。 總體而言，從提供的信息來看，貨代公司開具的發(fā)票在稅收處理上是合理的，但需要確保業(yè)務(wù)實(shí)質(zhì)與發(fā)票開具內(nèi)容相符，并且符合相關(guān)的稅務(wù)規(guī)定和結(jié)算要求。