如果香港物流公司在深圳沒有常設機構，且運費收入屬于來源于香港的所得，深圳公司不用代扣代繳企業所得稅；若香港物流公司在深圳有常設機構，或者運費收入被認定為來源于中國內地的所得，深圳公司就需要代扣代繳企業所得稅。判斷常設機構要看其是否在深圳有經營場所等相關情況，判斷所得來源地要看運輸起運地或目的地是否有一端在中國內地。