增值稅方面 一般情況下，農業(yè)合作社收到的與農業(yè)生產、銷售農產品直接相關的補貼，如農產品種植補貼、養(yǎng)殖補貼等，通常不需要繳納增值稅。因為這些補貼不屬于增值稅應稅行為產生的收入。 但如果補貼是與增值稅應稅貨物或應稅行為（非農業(yè)相關的經營活動）有關，可能需要繳納增值稅。例如，合作社收到一筆用于農產品加工后非免稅產品銷售環(huán)節(jié)的補貼，且該補貼與加工銷售應稅產品的收入掛鉤，這部分補貼可能需要繳納增值稅。 企業(yè)所得稅方面 對于符合規(guī)定的財政性補貼，可作為不征稅收入。根據相關規(guī)定，企業(yè)從縣級以上各級人民政府財政部門及其他部門取得的應計入收入總額的財政性資金，若同時符合以下條件，可以作為不征稅收入：一是企業(yè)能夠提供規(guī)定資金專項用途的資金撥付文件；二是財政部門或其他撥付資金的政府部門對該資金有專門的資金管理辦法；三是企業(yè)對該資金以及以該資金發(fā)生的支出單獨進行核算。 不過，不征稅收入用于支出所形成的費用，不得在計算應納稅所得額時扣除；用于支出所形成的資產，其計算的折舊、攤銷不得在計算應納稅所得額時扣除。如果不符合上述不征稅收入條件，或者合作社選擇不將補貼作為不征稅收入處理，那么補貼收入通常需要計入應稅所得，繳納企業(yè)所得稅。