根據《中華人民共和國企業所得稅法》的規定，任何經營活動產生的稅后凈利潤均應交納企業所得稅。而農業合作社收到的財政補貼，若是用于正常經營活動，此部分補貼須加入企業稅后凈利潤計算；若是補貼準備的現金，可以作為現金流量表的項目進行登記，而不需要加入企業稅后凈利潤中計算。因此，如果農業合作社的年度利潤虧損，即使收到過財政補貼也無需交稅。 拓展知識：根據《企業所得稅法》，企業若有虧損，可以在未來2年計入稅前收入中進行累計抵扣。若未能在未來2年抵銷，則可以將稅前損失轉換為現金基金，緩交稅款，延期至未來幾年抵銷。