合伙企業A的自然人合伙人可以根據創投基金B選擇的核算方式，來確定適用的稅率。如果創投基金B選擇按單一投資基金核算，那么自然人合伙人的所得可以適用20%的稅率；如果選擇按年度所得整體核算，則適用5%-35%的超額累進稅率。