如果老板直接支付了費用，這筆支出仍應當入賬。在賬務處理上，可以將這筆支付記錄為公司的支出，并相應地在資金賬戶中記為老板的借款或者增加老板的股東投資。這樣可以確保財務報表的準確性和完整性。