在公司破產情況下，未勾選的進項發票通常會失去抵扣稅款的機會，因為稅務局通常要求企業正常運營時進行勾選。至于原材料和庫存商品，它們將由破產管理人處理，可能用于償還債務或通過拍賣等方式變現。具體操作需要遵循破產法律程序和破產管理人的安排。