小規模公司的自然人電子稅務局辦稅員注冊登錄步驟如下：首先，訪問國家稅務總局電子稅務局官網或下載手機APP。接著，選擇“注冊新用戶”，填寫個人信息進行實名認證。認證通過后，設置用戶名和密碼。最后用設置的用戶名和密碼登錄即可開始辦理相關稅務事宜。