如果期末借方有余額，但沒有留抵稅額，通常意味著這部分增值稅尚未抵扣或轉出。可以通過填報下期增值稅申報表時，將這部分稅額作為抵扣或轉出處理，以調平賬務。同時，檢查是否有錄入錯誤或遺漏，確保所有數據準確無誤。