那6月份的不能填到期初里嗎？我們企業是9月份才有了收入，稅局給做了農產品核定扣除企業。所以申報時，6月份數據還沒有使用呢。

6月份的農產品如果當月全部領用并生產入庫，那么在6月末這些玉米已經轉化為產成品（玉米片），因此6月末的玉米片數量應作為期初數量填入下一期（如7月初）。6月份購入且當月全部領用的玉米不應再作為期初數量重復計算。根據你描述的情況，6月份的玉米已不在庫存，因此在填寫9月份申報表時，6月份數據無需再考慮。期初數量應填7月初或9月初庫存的實際剩余數量。如果有具體結轉情況，請按實際庫存情況調整。

初耗用農產品數量，這里的農產品指的是原料玉米吧？

如果指的是玉米原料，6月份都領用完了，9月份又沒有購進，那期初耗用農產品數量 填0 ，本期購時也為0 ；那6月份的抵扣不了了嗎？

這里的農產品確實指原料玉米。如果6月份的玉米都領用了，9月份沒有新購入，那么期初耗用農產品數量和本期購入數量都可以填0。但請注意，即使如此，6月份使用的玉米在領用時已經進行了進項稅額的抵扣，只要當時有合規的抵扣憑證，這部分抵扣不會失效。請檢查當時的賬目記錄以確認抵扣情況。如有疑問，可進一步核對相關憑證。

你說得對，這里的農產品指的是原料玉米。如果6月份的玉米都領用了，9月份沒有新購入，那么期初耗用農產品數量和本期購入數量都可以填0。但6月份使用的玉米在領用時已經進行了進項稅額的抵扣，只要當時有合規的抵扣憑證，這部分抵扣是不會失效的。請檢查當時的賬目記錄以確認抵扣情況。如有疑問，可以進一步核對相關憑證。

，6月份使用的玉米在領用時沒有進行過抵扣，因為9月份才有了第一筆收入。就是6月份生產完一直到9月份才開始銷售的。那這6月份的這部分怎么抵扣呢？

6月份使用的玉米在領用時未抵扣是因為沒有銷售收入。這種情況下，可以在6月份的賬務處理中，按照規定進行進項稅額的抵扣。即使9月份才有銷售收入，6月份領用的玉米對應的進項稅額仍然可以抵扣。請核實6月份的進項稅額，并在當期進行相應的會計和稅務處理。如有特殊情況，建議咨詢專業稅務顧問。