種子公司銷售種子是否免征企業所得稅，需要根據具體情況而定。 根據《中華人民共和國企業所得稅法實施條例》第八十六條及《國家稅務總局關于實施農、林、牧、漁業項目企業所得稅優惠問題的公告》（國家稅務總局公告2011年第48號）規定，企業從事農、林、牧、漁業項目的所得，可以免征、減征企業所得稅。免征企業所得稅的項目包括：蔬菜、谷物、薯類、油料、豆類、棉花、麻類、糖料、水果、堅果的種植；農作物新品種的選育；中藥材的種植；林木的培育和種植；牲畜、家禽的飼養；林產品的采集；灌溉、農產品初加工、獸醫、農技推廣、農機作業和維修等農、林、牧、漁服務業項目；遠洋捕撈。 其中，企業從事農作物新品種選育的免稅所得，是指企業對農作物進行品種和育種材料選育形成的成果，以及由這些成果形成的種子（苗）等繁殖材料的生產、初加工、銷售一體化取得的所得。 另外，如果種子公司是直接購買種子進行銷售的貿易活動，不能享受減免企業所得稅的優惠政策。只有符合上述規定的特定情況，種子公司銷售種子才可免征企業所得稅。 同時，種子公司銷售種子通常是免征增值稅的。具體政策依據為《財政部 國家稅務總局關于農業生產資料征免增值稅政策的通知》（財稅〔2001〕113號）第一條：批發、零售的種子、種苗、農藥、農機，免征增值稅。