對方在合同上注明回扣比例，也不行嗎？

回扣必須在發票上注明，以折扣方式體現，不能單獨支付私人回扣，那個是商業賄賂，是違法行為

等于對方應付我們的款項，是扣除折扣以后的金額對吧？

是的，就是那個意思的。

別人給我們公司銷售產品，要付給提成，這個怎么進行賬務處理？

一樣的呀，開折扣發票，你們按折扣后的金額付款

是給業務員的提成，怎么記分錄？

你們自己按工資造表申報個稅