跨市異地了就分開核算是吧，那么店里的收款碼是直接收到對公賬戶嗎？

對，一般都是辦理對公的收款碼，直接收到對公賬戶

每天那么多零星收入，每天就很大工作量了，像這些都申報無票收入嗎？

對，這些對方不要發票的都是報無票收入。

那這些公司下面的店是設分公司還是個體戶比較好點

這個我覺得個體戶吧，要是能核定征收稅負會低些。

如果是異地加盟，對使用本品牌的店應該跟公司是獨立核算的吧，營業額不是太大的話還是個體戶劃算是吧

對，這種的話就是獨立核算的。