不應該是3月申報2月應發的工資嗎？

是按收付實現制原則申報個稅的

1月入職的，2月發放1月的工資，3月才申報1月的工資？這樣抵扣不是多抵扣了兩個的5000了嗎

是的，理論上是這樣的

1月入職的，3月發放1月的工資，4月才申報1月的工資？這樣抵扣不是多抵扣了3個月的5000了嗎，這樣不太合理吧，老板拖欠幾個月才發工資的不是多抵扣幾個月的5000？

按個稅邏輯就是這樣的。