我給A公司開60的票

我們相當于是合作的關系，如果是用我們的合同簽的，那就是我們付錢給他，比如我需要付給他40.他的合同需要付我60.那就抵扣，他實際付我20.但是我需要把這些款項核算到每一筆項目里

不知道分錄該怎么做

既然“給A公司開60的票”，只能確認60的收入，沒有別的選擇。

但是40確實是從我的業務里扣給對方的

就是內部核算的話應該怎么做呢

理解您的心情。但發票需要“三流一致”。