根據《中華人民共和國印花稅法》的規定，運輸合同印花稅是合同雙方都要繳納的稅種，納稅人是立合同人，即合同的雙方當事人都需要繳納印花稅。因此，無論是支付運費的一方還是收運費的一方，都需要按照規定繳納運輸合同印花稅。具體的繳納方式通常是在簽訂合同時，由合同雙方按照合同金額的一定比例向稅務機關繳納印花稅，該稅款通常被視為合同成本的一部分。