甲公司與乙公司之間的借款以及甲公司大股東與乙公司股東之間的債務，可以通過雙方協商一致的方式進行抵銷。 合規的處理方式如下： 1.甲公司與乙公司進行協商，就借款和債務情況進行確認，并達成抵銷協議。 2.在抵銷協議中，雙方應當明確借款和債務的金額、期限、利率等詳細信息，并明確雙方的權利和義務。 3.甲公司應當將其大股東所欠乙公司股東的債務從乙公司的債務中扣除，同時將扣除后的債務金額支付給乙公司。 4.甲公司和乙公司應當在抵銷協議中約定違約責任和爭議解決方式，以確保雙方的權益得到保障。 5.甲公司和乙公司應當將抵銷協議提交給相關法律機構進行審查和備案，以確保協議的合法性和合規性。 6.如果抵銷協議涉及到稅務問題，雙方應當咨詢當地稅務機關的意見，以確保協議符合相關稅收法規的規定。