只要開具專票，不管是按1%還是3%都是不免增值稅的是嗎？

是的，是這樣的，專用發票不免稅的。

印花稅是當月繳納當月計提，城建稅教育附加費是要在季末必須先計提嗎？

如果您是按季度來交的，就是在季度末一起計提就可以了。如果印花稅你要是按次交的發生就交，不需要計提。