也就是補簽一份協議嗎？ 之前合同已經簽過了

已經簽過合同就不用再補了，有一份合同就行了。

簽訂合同主體是自然人，不是企業，開票卻要開到企業抬頭

這樣是不可以的，發票要和合同對應上。 和個人簽訂合同，就是給個人開發票。 你要是想給公司抬頭開發票，那就是和公司，簽訂合同這樣才行。