增值稅比申報表上應交為500元，但實際扣費只扣了499.99元，因此相差了一分錢。我不知道該如何進行分錄？

首先，你需要判斷這一分錢是否有實際意義，如果是，你可以在應交增值稅的會計科目上做一條分錄，將這一分錢的數額記入應收賬款；如果沒有實際意義，則可以在其他收入的會計科目上做一條分錄，將這一分錢的數額記入其他收入。拓展知識：在財務會計中，完備性原則要求會計人員必須收集和記錄所有經濟過程中發生的可計量事項，即使是非常小的金額，也同樣要求分錄記錄。