那這種情況憑證如何做？

借：應付職工薪酬——工資 貸：其他應付款—社保，公積金（個人部分） ???? 應交稅費——應交個人所得稅 ? 應收賬款-甲方

甲方代付的需要要哪些附件資料？

他發放工資的銀行回單復印件

需不需要工程結算資料以及代付工資抵減工程款的證明？

這個根據需要提供就是了哈

可以再附一個委托代付工資書和工資發級別名冊

老板說不申報代發工人工資，因為這部分人沒有買社保，怕被查又有很多風險

不算是否代付工資，事實上是幫你們支付了

怕被查社保，怎么辦這種情況？

這個是沒法子的，普遍都存在這個情況的