根據國家稅收征收法規定，對于小規模納稅人，利潤總額不超過40萬的，應當繳納的企業所得稅是按照5%的稅率提取。也就是說，小規模做出40萬的利潤，需要繳納的稅款為40萬 × 5% = 2萬元。此外，還需要繳納個人所得稅，根據我國現行企業所得稅法規定，月應納稅所得額不超過2000元的，免征個人所得稅，所以小規模做出40萬的利潤，還需要繳納的個人所得稅為0元。