小規模納稅人在處理3月份業務時，由于當時沒有開具發票，已按未開票收入申報繳納了增值稅；而在二季度時，對方又要開發票，又按1%的稅率開了發票。 在這種情況下，小規模納稅人可以選擇以下處理方式之一： 1）在開具發票后，再確認增值稅，將增值稅進行重新計算，將增值稅進行重新申報，繳納差額的稅款； 2）如果已經繳納了增值稅，則可以采取自行調整方式，在下一次申報增值稅時，抵扣相應的增值稅，并重新確認本企業應繳稅款。 小規模納稅人處理這類問題時，應該根據具體情況選擇合適的處理方式，以避免不必要的稅收風險。 拓展知識： 小規模納稅人在辦理稅務事務時，應當按照稅法規定辦理，遵循稅收合規原則，以避免稅收風險。例如，應當按照稅法規定的時間和稅率計算增值稅，確保增值稅申報準確、及時；應當按照規定存檔、保管發票，以便進行備查、核對；應當如實申報、繳納稅款，以免被稅務機關發現不當扣除、免稅等情況。