您好，如果5月份把退稅發票勾選了，其中有一票6月份不能退稅勾選，則會影響您在6月份的退稅額，因為您6月份的發票不能算在退稅里。但您可以在接下來的月份把這筆發票勾選上去，申請退稅，所以影響是有的，但可以減少。此外，您還可以積極聯系稅務機關，盡早辦理您能退稅的發票。