6月份的免稅發票可以退稅，但是要滿足一定的條件。首先，國家有關法律法規規定，企業應按期進行出口退稅勾選，否則企業將面臨退稅不準確引起的稅收處罰。其次，國家稅務總局《企業出口退稅稅務管理辦法》規定，未能及時勾選，情節輕微的，允許企業提出整改申請，經稅務機關審核，通過以后才可以申請退稅。因此，如果您的企業5月開出免稅發票，卻沒有在6月份做出口退稅勾選，可以按期提出整改申請，由稅務機關審核，審核通過以后，即可退稅。 本質上，出口退稅勾選就是一個進行稅收管理的控制環節，旨在加強稅收審計，穩定國家財政收入。國家建立了嚴格的審核機制，有效改善出口退稅管理流程，落實出口退稅企業的責任，保障企業正常的出口退稅權利和享受出口優惠政策的地位。