法人借款低于實收資本的情況下，在注銷的時候，應該把借款歸還，另外還要辦理公司解散或者破產清算等手續。例如，一家公司以法定資本1000萬元設立，實收資本500萬元，借款400萬元。在注銷時，除了要辦理公司解散或者破產清算等手續，還要把借款歸還，否則，會對實收資本的比例產生影響。