小企業盈余公積的會計核算是指從當期所得稅的凈額、收到的股利、從其他企業收到的分紅或者上繳的資本公積金中，經過確定、取得后存入企業資本公積金中，用于提高資本金、償還債務或者其他用途的過程。在核算過程中，需要遵循會計準則，依據相關費用和收入來計算在企業會計賬戶中的收支情況，并對其中的公積金進行核算。