處理進項發票已入賬未認證的跨年應該按以下步驟進行： （1）先對輸入的發票進行初次審核，以確定發票上的金額和貨物是否屬實、其他所有信息是否完整； （2）進行記賬處理，將發票記入財務會計憑證，將未完全認證的發票收入進行記入應收和應交稅費等賬戶； （3）根據發票已開立的實際情況，進行全面的審核，一旦發現有疑問，需要及時采取措施，以便及時更正或查證； （4）根據審核后的結果，及時更正會計憑證，將未認證的貨物或服務記錄到應收或應付中； （5）最后，將發票數據完全準確地保存在財務系統中，便于以后的調整和查詢。