處理收到的差額發票分錄的方法是，在應收賬款中按照發票金額做減法，以歸還差額，同時在財務費用中做加法，以得出發票差額金額。如果發票金額小于原發票金額，則應收賬款減少，財務費用增加；如果發票金額大于原發票金額，則應收賬款增加，財務費用減少。