運輸公司的運輸部門的車輛折舊費，應當直接放入主營業務成本，在累計折舊欄內做出相應的調整。具體案例如下：某運輸公司在2018年12月收購了一批新車輛，將其折舊費用置入主營業務成本，同時將其累計折舊調整為2018年12月31日的固定資產累計折舊減去2018年日前的固定資產累計折舊。因此，運輸公司運輸部門的車輛折舊費應該直接放入主營業務成本，并在累計折舊欄進行相應的調整以反映該車輛的折舊費用。