如果工程施工合同成本大于工程結算，首先應當盡快分析原因，調整成本控制方法，以避免再次發生類似的情況。此外，建議可以采用投標比價的方式，根據競爭者報價，進行成本分析，在合理的范圍內控制成本，以避免出現這種情況。最后，要與經手人進行有效溝通，加強物料采購，力求實現預算管理，有效控制合同成本。