專用發票金額與付款金額不一致的原因主要有兩種：一是開票錯誤，二是實付錯誤。開票錯誤可能是開票人在開票時，開出錯誤金額，或發生了折扣現金情況等。實付錯誤則是支付方忘記或者沒有按照正確金額實付，導致實付金額與發票金額不一致。 賬務處理一般都應做好以下幾步：一是進行記錄，記錄當時發生的實際情況；二是進行沖銷，將原發票與新發票沖銷，確認付款金額；三是糾正臺賬，將開具的新發票的金額及其他情況正確地記錄到臺賬中；四是進行保存，記錄新發票、原發票以及相關憑證等。 案例：某公司收到一份專用發票，發票金額為1000元，但實際支付金額只有900元，為了解決此類情況，該公司可以首先通知供應商重新開具新的發票，發票金額為900元，然后將原發票與新發票做沖銷處理，并根據實際付款金額（900元），在臺賬上登記修改專用發票的金額信息，以及對相關的發票憑證等進行歸檔保存。