對供貨商少開發票的金額進行會計處理，首先應根據實際發生的交易，在應付賬款中增加相應金額；然后按正常流程分攤費用，歸入原材料、制成品等成本賬戶中；最后，根據供貨商開具的發票金額及實際支付金額，做出應付賬款減少和庫存減少等會計處理，以保證會計記賬準確可靠。另外，如果發現供貨商開發票金額偏差較大，就應查明原因，根據情況采取相應的措施，避免發生財務風險。