一般納稅人物流公司開普票，可以申請開具以下幾種發票： 1、增值稅普通發票：具有法律效力的收入憑據，可視為稅務機關對納稅人征收稅收的依據。 2、增值稅專用發票：指應稅款的收款人票據，收款人開票后，應稅款扣除稅款后，其中不含稅金額應在發票上明確注明，以便稅款機關核查。 3、機動車銷售統一發票：僅針對機動車的銷售，以統一的發票代替普通發票，進行綜合扣稅，是財政部、國家稅務總局聯合發布的新的稅收培植辦法。 4、海關進口商品發票：指海關按照規定發放的，憑此發票商家可通過海關辦理進口退稅手續，進而使進口商品成本及售價壓低。 總而言之，一般納稅人物流公司開普票可以開具增值稅普通發票、增值稅專用發票、機動車銷售統一發票、海關進口商品發票等，以上發票僅作為收入憑據，不作為稅務機關認定納稅人交納稅款的依據。