是的，水利建設基金的計稅依據是以應交的增值稅為計稅依據。比如，一家企業增值稅的應交稅額為10000元，那么它所繳納的水利建設基金應繳納的金額就是10000元，不多不少，而且由企業自行繳納，不需要經過國家稅務部門進行管理。