對于申請的專項資金，收到發改局撥給的收入，根據國家相關規定，應當區分是否是免稅收入。如果是用于研發建設、改造廠房等符合國家技術創新和生產建設的，應當優先將符合條件的收入納入免稅收入，此時可以不計入企業所得稅，并可根據相關法律進行預繳，同時確保企業利潤受到全面保護。