是的，年末全年核算虧損的小規模企業可以申請退稅。首先，小規模企業當年應納稅所得額為虧損，但之前已繳納稅款的，可以申請退稅，申請時應提供當年各月應納稅所得額及實際繳納的所得稅金額的憑證；其次，年終核算發現小規模企業虧損時，小規模企業應向當地稅務機關按規定申請多繳稅款的退稅；此外，虧損企業當月應納稅所得額為虧損的，也可以申請退稅；最后，小規模企業的會計師在匯算清繳時也可以向稅務機關申請退稅。 拓展知識： 如果小規模企業提出申請，并準備相關證明文件，但仍遭到拒絕的情況，可以從兩方面解決： 1. 向相關部門投訴，及時處理小規模企業退稅申請； 2. 進行檢查，如果發現存在違法行為，才納稅人有權向稅務機關申請多繳稅款的退稅。