首先，應將發票上的借方科目記入應交稅費，貸方科目記入銀行存款，即將進項稅額35萬元劃轉到銀行賬戶；然后，根據稅務系統的實際出納支付的金額，在借方記入現金或銀行存款，將貸方應交稅費減少35萬元，以實現應交稅費的較出納的核實，最終，該公司的賬上的進項稅余額為-5萬元。 例如，一家公司的賬上進項稅余額有80萬，5月份留底退稅退了85萬，應當做賬如下：首先，應將發票上的借方科目記入應交稅費，貸方科目記入銀行存款，即將進項稅額85萬元劃轉到銀行賬戶；然后，根據稅務系統的實際出納支付的金額，在借方記入現金或銀行存款，將貸方應交稅費減少85萬元，以實現應交稅費的較出納的核實，最終，該公司的賬上的進項稅余額為5萬元。