如果企業希望將50萬元的訂貨合同納入本季度成本，考慮到本質上是一筆長期負債，應當按照會計準則的有關規定將其列入當期的負債，并將已付的定金納入當期支出；如果未開票，則應當將其記入應付賬款，等待對方開具發票后在相應時期確認其賬款。此外，公司還應當對訂貨合同中各項限定條件、交期和送貨地點等進行詳細的記錄，以便在未來發生糾紛時，便于雙方之間進行經濟糾紛的法律訴訟。