該企業六月份應繳納印花稅應該為520萬元。根據《企業所得稅法》第六十八條第二項規定，“企業的變動減少實收資本，應當按照1.2%的印花稅稅率支付印花稅”，因此，根據500萬元的實收資本，該企業應繳納印花稅為6萬元。另外，根據《企業所得稅法》第六十八條第三項規定，“企業收取或使用其他賬戶應當按照1%的印花稅稅率支付印花稅”，因此，根據另外500萬元的其他賬戶，該企業應繳納印花稅500萬元。合計520萬元。