企業進行清算時，內部關聯往來款和其他往來期末余額應該清零，并將余額補償到另一方賬戶中。 首先要弄清楚雙方的收支情況，然后根據實際情況確定收支相抵的方法，將雙方發生的關聯往來款及期末余額清零。 具體的方法可以是在記賬確認時，通過多賬戶歸集的方式，將發生的兩項收支分別確認在不同的賬戶上，最后進行結轉對沖，將雙方余額清零，或者結轉入收入或支出類科目中。 另一種方法是通過回收單/預付款單等方式，將雙方發生的收支金額分別確認，在期末進行結轉時，再進行多賬戶歸集或類科目結轉，實現雙方期末余額清零。 拓展知識：企業進行清算時，還需要對關聯往來款及期末余額是否存在準確的記錄，以及金額的準確性進行檢查，如不準確及時修改，以保證清算的準確。